MySQL: optimizar las consultas

El número y el tamaño de las bases de datos son ilimitados, pero debes optimizar tus consultas, tus tablas (con índices) con el fin de no sobrecargar el servidor en el que se encuentran tus bases, sobre todo cuando el tamaño de la base aumenta considerablemente. 

Optimizar las consultas

Los índices se utilizan para encontrar líneas de resultado con un valor específico de manera muy rápida. Sin índices, MySQL tiene que leer sucesivamente todas las líneas y realizar las comparaciones necesarias cada vez para extraer un resultado pertinente. Cuanto más grande sea la tabla, mayor consumo de recursos requerirá. Si la tabla dispone de un índice para las columnas utilizadas, MySQL puede encontrar rápidamente las posiciones de las líneas en el archivo de datos sin tener que recorrer toda la tabla.

El comando EXPLAIN permite auditar una consulta SQL y, de este modo, conocer el número de líneas (rows) recorridas para ejecutar la consulta. Si el número es muy elevado, la utilización de un índice puede resultar útil para optimizar la consulta. El añadido de un índice se suele hacer en las columnas utilizadas en la cláusula WHERE de una consulta SQL.

La sintaxis de añadido de índices es la siguiente:
ALTER TABLE tablenameADD INDEX indexname (column1, column2, ...);

Más información/Referencias